PubChem bao gồm ba cơ sở dữ liệu chính đang phát triển linh hoạt. Kể từ ngày 1 tháng 11 năm 2017:

• Hợp chất, 93,9 triệu mục [2] (tăng từ 54 triệu mục trong tháng 9 năm 2014), chứa các hợp chất hóa học tinh khiết và đặc trưng.[3]
• Các chất, 236 triệu mục[4] (tăng từ 163 triệu mục trong tháng 9 năm 2014[5]), cũng chứa các hỗn hợp, chất chiết xuất, phức và các chất không bị biến đổi.
• BioAssay, hoạt động sinh học kết quả từ 1,25 triệu[6] (tăng từ 6000 tháng 9 năm 2014[7]) sàng lọc thông lượng cao các chương trình có vài triệu giá trị.